Este sendero parte de la localidad portuguesa de Barrancos y atraviesa la Sierra norte de Huelva de noroeste a sureste y entra en la provincia de Sevilla para llegar a la misma capital de la Giralda.

Gran parte del recorrido transcurre por el Parque Natural de la Sierra de Aracena y Picos de Aroche, en el extremo occidental de Sierra Morena. La comunidad vegetal dominante en esta zona es el encinar, elemento principal del paisaje adehesado. Se dan también los alcornoques, fundamentalmente en las umbrías y vaguadas.
Los 88 km. que el sendero tiene en la provincia de Huelva recorren los términos municipales de Encinasola, cumbres de San Bartolomé, la Nava, Valdelarco, Cortelazor, Aracena, Corteconcepción y Zufre. Destacan como zonas de mayor interés la ribera del río Múrtigas y los embalses de Aracena y Zufre. Esta última localidad destaca por su urbanismo de barrios con calles estrechas y tortuosas que recuerdan su origen árabe y casas edificadas entre los siglos XVI y XIX.
La parte sevillana de este sendero cuenta con 66 km. que recorren los términos municipales de El Castillo de las Guardas, preciosa localidad serrana; Gerena, Olivares, Salteras, Valencina de la Concepción, Camas y Sevilla.
Contrasta el paisaje adehesado de la primera mitad con el de la campiña del último tramo.
Abundan las fincas con ganado bravo, toros de lidia que pueden verse en los alrededores de Cortijo de la Calera, preciosa edificación transformada en alojamiento rural.
A lo largo de su recorrido, la GR 41 presenta tres variantes, todas ellas en la provincia de Huelva. La GR 41.1 es un recorrido circular que desde el sendero principal llega a Cerro Verdugo, junto al Barranco de la Papúa, para descender por Majada Nueva y entrar al sendero principal. La 41.2 se separa en la localidad de Zufre y recorre bellos parajes cercanos a las sierras del Zorrero y Magallanes. Por último, la GR 41.3, con una longitud de 48 km, se separa del sendero principal también en la localidad de Zufre recorriendo además los términos de Higuera, Jabuguillo, Aracena, Los Marines, Fuenteheridos, Galaroza y Las Murtiguillas.