El museo está ubicado en un monasterio benedictino del siglo X, que es un notable ejemplo de románico catalán. Los primeros materiales que llegaron a este recinto procedían de Empúries. Posteriormente, la colección se completó con lápidas y esculturas romanas, y conjuntos de epigrafía medieval de Girona. En la actualidad, sus fondos están especializados en la prehistoria y la arqueología. Desde 1992 forma parte del Museo de Arqueología de Cataluña.