Su construcción se debe al mecenazgo del obispo D. Rodrigo Mercado de Zuloaga. Las obras se iniciaron en 1540, el proyecto fue llevado a cabo por Domingo de Carrera, Pierres Picart y Gibaja. El edificio tiene planta rectangular, con un patio interior, capilla y grandes salas. Tiene dos pisos. La fachada principal está formada por tres cuerpos, el central, de tradición gótica, flanqueado por dos torreones en los extremos. La portada se desarrolla en tres planos superpuestos, entre los que destaca el segundo en el que se alza la estatua orante del obispo Don Rodrigo. En el interior se encuentra el claustro que tiene dos pisos de arcos de medio punto, decorado con medallones correspondientes a personajes famosos de la época. La capilla de la Universidad está cubierta con bóveda de crucería. En la Universidad no se han impartido clases desde 1901.