La zona di Biscaglia è collegata a una delle migliori reti di autostrade e superstrade di tutto il paese e Bilbao è un punto nevralgico per le comunicazioni tra il nord della penisola iberica e il resto della Spagna.

L'autostrada A-8 arriva fino a Donostia/San Sebastián e Irún, da dove è possibile raggiungere Bordeaux e Parigi o Toulouse e Montpellier. La A-68, che scende lungo la valle dell'Ebro, arriva fino a Barcellona mentre la A-7 si snoda lungo la costa del Mediterraneo. Attraverso la A-68 si arriva anche a Burgos e da lì a Madrid, Valladolid o in Portogallo.

Dalla stazione Termibus, situata in pieno centro, ogni giorno arrivano e partono autobus con destinazioni regionali, nazionali e internazionali.

A 12 chilometri circa dal centro urbano si trova l'aeroporto internazionale di Bilbao, che è considerato il più importante della Spagna settentrionale e offre voli verso le principali città spagnole ed europee. L'aeroporto è collegato con la città dagli autobus della linea 3247, che raggiungono la stazione Termibus e fermano a piazza Moyua. Sono operativi tra le 6.20 e mezzanotte circa in direzione Bilbao, e tra le 5.20 e le 22.00 in direzione dell'aeroporto, con una frequenza di 20 minuti circa.

Dalla stazione marittima del porto di Santurtzi partono, due volte la settimana, i traghetti diretti alla città inglese di Portsmouth, con la possibilità di imbarcare il proprio veicolo. Si può raggiungere il porto prendendo l'autobus che parte da piazza Jado o il treno regionale della linea C-1, o ancora percorrendo in automobile l'autostrada A-8.

Infine, la stazione di Bilbao-Abando è servita dai treni a lunga percorrenza della Renfe, che offrono servizi giornalieri per Madrid e Barcellona e collegamenti con Galizia, Asturie, Portogallo, Levante e Andalusia.