Il Museo Navale fu inaugurato nella sua sede attuale, il viale del Prado, nel 1932. Quest'area espositiva raccoglie il patrimonio della storia navale della Spagna, presentando anche un itinerario panoramico attraverso la storia marinara di altri paesi. All'interno è esposta un'importante collezione etnografica, esposta in forma cronologica dall'epoca dei Re Cattolici ad oggi, composta da numismatica, decorazioni, cartografia, quadri, strumenti nautici e scientifici, artiglieria, armi sottomarine, manoscritti… Nell'attuale collezione è di particolare rilievo l'emblema dell'Armada spagnola, la portaerei "Principe de Asturias".