Il museo si trova in un monastero benedettino del X secolo, notevole esempio del romanico catalano. I primi materiali che arrivarono in quest'area espositiva provenivano da Empúries. Successivamente, la collezione fu completata con lapidi e sculture romane, oltre a raccolte di epigrafia medievale di Girona. Attualmente, le sue collezioni sono prevalentemente a carattere preistorico ed archeologico. Dal 1992 fa parte del Museo di Archeologia della Catalogna.