Santoña a toujours entretenu un lien fort avec la mer, à tel point qu'elle possède le premier port de conserves de tout le littoral cantabrique. Son industrie est avant tout basée sur la commercialisation du thon et des célèbres anchois à l'huile d'olive.

Santoña est partagée en deux zones : le centre ville, posé sur une plaine, et une zone montagneuses où se dresse le coteau du Brusco y el Buciero. L'histoire de la ville est unie à celle du monastère de Santa María del Puerto, qui devint l'église romane de Santa María del Puerto. Construite entre les XIII^e et XVII^e siècles, elle renferme le retable de San Bartolomé orné de peintures flamandes du XV^e siècle. Ses fortifications militaires, regroupées autour du Mont Buciero, sont tout aussi révélatrices de l'importance stratégique du port. Les forts de San Martín, San Carlos et Mazo ou Napoléon sont en relativement bon état.