Il occupe la tour d'El Consulado, un édifice du XVIII^e siècle autrefois consacré au sauvetage maritime et au contrôle des activités portuaires. Mis à part ses expositions monographiques et ses ateliers pédagogiques, il offre également une bibliothèque spécialisée. Sa principale vocation est de contribuer à la conservation, l'étude et la divulgation de l'histoire et du patrimoine maritime basques. Parmi ses fonds se trouvent de nombreuses embarcations, des pièces ethnographiques en rapport avec le monde de la pêche, des représentations de bateaux à vapeur, des gravures…