Ce monastère construit au XVII^e siècle sur ordre de Marguerite d'Autriche, épouse du roi Philippe III, se dresse sur la place de La Encarnación. Sa réalisation fut confiée aux architectes Juan Gómez de Mora et Fra Alberto de la Madre de Dios. Au XVIII^e, après un incendie, son église fit l'objet d'une importante restauration. L'architecte Ventura Rodríguez conféra alors au temple un style néoclassique, et son intérieur fut décoré par les meilleurs artistes de l'époque. Aujourd'hui, certaines salles du monastère restent ouvertes au public, comme la salle des rois, le coro, le cloître et la sacristie où sont exposées des œuvres de José Ribera, Antonio Pereda, Lucas Jordán ou Gregorio Fernández. C'est cependant la salle du reliquaire, avec ses sculptures en bois de Juan et Mena y Salzillo et son ensemble de 700 pièces de bronze, corail, ivoire et bois précieux en provenance d'Italie, d'Allemagne, d'Espagne et des Pays-Bas, qui fait toute la singularité de ce temple. Parmi les reliques exposées se trouve une ampoule contenant le sang de saint Pantaléon qui, tous les 27 juillet, montre un curieux phénomène de liquéfaction.