À l'extérieur, la cathédrale est construite comme une forteresse, afin de la protéger des guerres continuelles souffertes par la ville. Sa construction débuta après la conquête de Badajoz par le roi Alphonse IX, au XIIIe siècle. L'édifice, orné de créneaux, possède une haute tour à plan quadrangulaire avec des fenêtres sur le second corps. Sur les trois portes d'entrée, la principale est couronnée de l'image de saint Jean-Baptiste. L'intérieur est distribué selon un plan basilical, avec trois nefs à cinq vaisseaux, un transept et un chevet à trois absides. Les voûtes qui la recouvrent sont de style gothique décadent.