L'intérieur de cette église gothique est couvert d'œuvres d'art qui transforment sa visite en parcours de musée. Elle possède une monumentale grille gothique signée Francisco de Osorno, des vêtements liturgiques brodés par Pedro Ruíz au XVe siècle et des fonts baptismaux de Jean de Cologne. La sacristie abrite un ensemble de tiroirs de style Renaissance de très bonne qualité et d'origine anonyme. Les stalles sont de Fernando de Hinestrosa. Quant à l'orgue, il s'agit de l'un des plus anciens d'Europe. Elle possède aussi un retable baroque et un chœur de style gothique fleuri décoré de hauts-reliefs en pierre.