Le musée se trouve dans un monastère bénédictin du X^e siècle, exemple remarquable du style roman catalan. Les premiers matériaux arrivés à ce musée venaient d'Empúries. Ensuite, des pierres portant des inscriptions et des sculptures romaines ainsi que des éléments épigraphiques médiévaux provenant de Gérone vinrent compléter la collection. Cependant, le fonds actuel du musée se compose principalement de pièces préhistoriques et archéologiques. Ce musée fait partie, depuis 1992, du musée d'archéologie de Catalogne.