Il est réparti entre la salle capitulaire et les chapelles ouvertes de la cathédrale de Burgos, monument déclaré Patrimoine de l'Humanité par l'UNESCO. Le musée expose de nombreuses pièces d'orfèvrerie (des images en argent, des ostensoirs, des croix et différents objets liturgiques), des peintures, des sculptures, des documents, des codex (du X^e au XVI^e siècle) comme la Bible de Cardeña, des tapisseries, ainsi qu'une collection de peintures sur bois flamandes.