L'église doit son nom à l'apparition d'une sculpture de la Vierge dans les jonchaies de l'estuaire vers l'an 1400. La construction de l'édifice tel qu'on le connaît aujourd'hui date du XVI^e siècle. Il possède un plan de type hallenkirche, avec trois nefs et une abside, et une tour. À l'intérieur, le retable de la Vierge du Juncal, œuvre de Juan de Bazkardo datant du XVII^e siècle, mérite une mention particulière. L'église a été déclarée monument historique et artistique national en juin 1973.