El origen del monasterio es cisterciense, su construcción se prolonga desde el siglo XII hasta el siglo XIV. Del conjunto de edificios medievales se conservan la Iglesia, el Claustro, la Sala Capitular, las Celdas de castigo, el Locutorio y la Cocina. Durante los siglos XVI y XVII se realizaron reformas. El Monasterio fue abandonado por los monjes tras la desamortización de Mendizábal, pasando al Estado la propiedad del Monasterio. En 1942, la Fundación Príncipe de Viana inicia una intensa reconstrucción. En este lugar se establece la comunidad religiosa de los Clérigos Regulares (Teatinos), que regentan el Monasterio hasta hoy.