El Museo recoge una amplia colección de objetos y fotografías relacionados con la vida y la historia de los pueblos guanches, que fueron los primitivos habitantes del archipiélago canario. En sus salas se exponen restos de cerámica y utensilios fabricados en madera y piel, además de dos momias y un feto momificado que son las piezas más relevantes del Museo. Alberga también piezas y colecciones sobre arqueología precolombina, etnografía africana, cerámica bereber y el Sáhara Occidental.