El Museo ocupa espacios adyacentes a la Catedral y expone piezas de arte sacro de Navarra. De la colección destacan imágenes marianas, románicas y góticas, de los siglos XII al XV; orfebrería; arquetas, piezas de marfil y relicarios, como los del Santo Sepulcro y del Lignum Crucis, ambos de la Edad Media. Junto a estos objetos encontramos muestras de pintura, como el retablo de Peralta, de Van Dyck, tallas y artes decorativas renacentistas y barrocas.