Está situado en la Casa-torre del Consulado, un edificio del siglo XVIII dedicado en origen al salvamento marítimo y al control de las actividades portuarias. Organiza exposiciones monográficas y talleres pedagógicos y posee también una biblioteca especializada. Su principal objetivo es contribuir a la conservación, estudio y difusión de la historia y el patrimonio marítimo vascos. Entre sus fondos se encuentran además de múltiples embarcaciones, materiales etnográficos relacionados con el mundo pesquero, retratos de buques de vapor, grabados…