El interior de esta iglesia gótica está repleta de obras de arte que hacen de su visita un recorrido museístico. Tiene una monumental reja gótica de Francisco de Osorno, ropas litúrgicas bordadas por Pedro Ruíz en el siglo XV y una pila bautismal de Juan de Colonia. En la Sacristía encontramos una fina cajonería renacentista de origen anónimo. La sillería es de Fernando de Hinestrosa. En cuanto al órgano se puede decir que es uno de los más antiguos de toda Europa. Tiene también un retablo barroco y alto relieves de piedra decorando un coro de estilo gótico florido.