Está situado en el antiguo hospital de la Santa Cruz.

El edificio, del siglo XVI, sobresale por su fachada plateresca, el patio y la escalera, obra de Covarrubias, y sus artesonados mudéjares y renacentistas. El museo reparte su colección en tres secciones: Arqueología, dedicada a las culturas romana, visigoda, árabe y mudéjar; Bellas Artes, con una importante muestra de pintura toledana de los siglos XVI-XVII, y obras de artistas como El Greco; y Artes Industriales, que con ejemplos de cultura popular y tradición artesana local (cerámica, vidrios, tejidos, forja y orfebrería).