El museo supone un recorrido, a través de valiosos objetos, por la historia de estas dos islas, desde la Prehistoria hasta la reconquista cristiana. Está situado en Dalt Vila, en la parte monumental de Eivissa, y ocupa varios edificios.

La  exposición permanente abarca más de tres mil años de historia y está dividida en seis áreas temáticas: Prehistoria, Colonización Fenicia, Época Púnica, Época Romana Alto Imperial, Época Romana Bajo Imperial y Antigüedad Tardía y  Época Medieval Islámica.