La biblioteca que alberga Yuso es una de las más importantes de España, no tanto por la cantidad de documentos, sino por el valor y antigüedad de los mismos. Declarado Patrimonio de la Humanidad el 4 de diciembre de 1997.

La iglesia, de tres naves, data del siglo XVI. En su interior tiene columnas corintias y cuadros de Juan Rizzi. El retablo mayor es del siglo XVII, el púlpito es plateresco y el coro es de estilo grecorromano. La sacristía es del siglo XVI y tiene en el techo frescos originales del XVIII. Su biblioteca tiene más de 300 documentos fechados entre los siglos XI al XV, incunables, códices de los siglos XII y XIII, etc. Las crónicas dicen que, en el traslado de las reliquias de San Millán al Monasterio de Santa María la Real, los bueyes que tiraban del carruaje se pararon en un determinado punto y no hubo forma de hacerles avanzar. El rey García Sánchez tomo ésto como una señal e hizo levantar el monasterio en ese lugar.