Fue fundado por el rey Alfonso VIII en el siglo XII para atender a los peregrinos del Camino de Santiago. Lo custodiaba la abadesa del Monasterio de las Huelgas. En un primer momento era de estilo cisterciense pero después se le realizó una reforma por deseo de Carlos I. Destaca la puerta de Romanos, de estilo plateresco, por donde se accede a la Facultad de Derecho y el rectorado de la Universidad de Burgos. Dentro de la iglesia son interesantes las puertas de madera con motivos jacobeos del siglo XVI. Entre esas imágenes aparece una peregrina que amamanta a su hijo mientras camina.