Das Museum ist in Bereichen neben der Kathedrale untergebracht und stellt Sakralkunstwerke aus Navarra aus. In der Kollektion fallen vor allem Marienbilder, romanische und gotische Gemälde aus dem 12. bis 15. Jahrhundert auf sowie Goldschmiedearbeiten, Schatullen, Elfenbeinstücke und Reliquien wie das Heilige Grab und das Lignum Crucis auf, die beide aus dem Mittelalter stammen. Neben diesen Gegenständen ist auch Malerei - zum Beispiel das Peraltaretabel von van Dyck - und Schnitzfiguren sowie andere Kunstwerke im Renaissance- und Barockstil zu sehen.