Ziel des Museums ist die Erhaltung, Förderung und Verbreitung der Grafikkunst.

Die Nationale Kupferstichanstalt wurde 1789 mit dem Ziel gegründet, große Grafikprojekte ausführen zu können, die im Rahmen der aufgeklärten Politik in Angriff genommen wurden. Die Einrichtung sollte außerdem alle auf königlichen Befehl gestochenen Kupferplatten sammeln, aufbewahren und neu drucken. Im Sitz der Königlichen Akademie der Schönen Künste von San Fernando untergebracht, ist der wertvollste Besitz der Nationalen Kupferstichanstalt die Sammlung der Kupferplatten, die Goya mit Aquatintatechnik radierte und die weltweit als ein Höhepunkt der Radierkunst gelten. Das Museum umfasst eine der größten und besten Kupferplattensammlungen der Welt.