Die Geschichte von Santoña war immer eng mit dem Meer verwoben. Sein Hafen war der erste Kantabriens, in dem Fisch in Konserven verpackt wurde. Die örtliche Industrie basiert vor allem auf Tunfisch und den berühmten Anschovis in Olivenöl.

Santoña lässt sich in zwei Bereiche unterteilen: den in einer Ebene liegenden Ortskern und das bergige Gebiet des Brusco und des Buciero. Die Geschichte des Orts steht in Verbindung mit dem Kloster Santa María del Puerto, aus dem später die romanische Kirche Santa María del Puerto hervorging. Sie wurde zwischen dem 13. und 17. Jahrhundert errichtet und beherbergt das Retabel San Bartolomé mit flämischen Malereien aus dem 15. Jahrhundert. Ebenso bedeutend sind die Militärfestungen rund um den Berg Buciero, die die strategische Bedeutung des Hafens belegen. Ziemlich gut erhalten sind die Festungen San Martín, San Carlos und Mazo,die auch Napoleonsfestung genannt wird.