Das Museum zeigt auf anschauliche Weise die Entwicklung der Menschheit angesichts der Fundstätte Atapuerca und der wissenschaftlichen Studien.

Das Museum umfasst die eigentliche Fundstätte Atapuerca, die didaktischen Einrichtungen sowie die Besucherzentren der Orte Ibeas de Juarros und Atapuerca. So wird ermöglicht, die hauptsächlichen fossilen Fundstücke aus Atapuerca zu sehen und danach per Bus den Ort zu besuchen, von dem sie stammen. Der Shuttlebus verbindet das Museum mit der Fundstätte und der Umgebung.

Der Rundgang durch die verschiedenen Bereiche des Museums liefert Antworten auf die Schlüsselfragen zur menschlichen Entwicklung vom wissenschaftlichen Gesichtspunkt aus und untersucht die Beziehung zwischen Mensch und Natur. Über die Ausstellung hinaus organisiert das Museum auch didaktische Workshops, Seminare und Vorträge.