Am Plaza de la Encarnación steht das im 17. Jahrhundert von Margarethe von Habsburg, der Gattin Philips III., in Auftrag gegebene Kloster. Das Gebäude wurde von den Architekten Juan Gómez de Mora und Fray Alberto de la Madre de Dios entworfen. Im 18. Jahrhundert wurde die Kirche nach einem Brand tiefgreifend umgebaut. Der Architekt Ventura Rodríguez verlieh dem Gotteshaus einen klassizistischen Anstrich. Das Innere wurde von den besten Künstlern jener Zeit ausgestaltet. Heute sind mehrere Säle des Klosters der Öffentlichkeit zugänglich, unter anderem der Salón de Reyes, der Kreuzgang und die Sakristei, wo Werke von José Ribera, Antonio Pereda, Lucas Jordán und Gregorio Fernández zu sehen sind. Der wichtigste und beliebteste Raum des Gotteshauses ist jedoch der Reliquiensaal (in dem insgesamt 700 Stücke aus Bronze, Korallen, Elfenbein und feinem Holz aus Italien, Deutschland, Spanien und den Niederlanden ausgestellt sind) mit Arbeiten von Juan de Mena und Salzillo. Eine der wichtigsten Reliquien ist ein Ampulle mit dem Blut des hl. Pantaleon, das sich an jedem 27. Juli auf wundersame Weise verflüssigt.