San Juan de Boí gehört zu den von der UNESCO im Jahr 2000 zum Weltkulturerbe erklärten romanischen Kirchen im Boí-Tal.

Die in einem der wichtigsten Dörfer des Boí-Tals gelegene Kirche besitzt einen basilikalen Grundriss und drei Schiffe, die in halbkreisförmigen Apsiden enden, mit Ausnahme der Apsis des Hauptschiffes, die verändert wurde. Die Kirchenschiffe sind durch auf Pfeilern ruhende Rundbögen voneinander getrennt. Die Pfeiler haben abwechselnd einen runden und einen rechteckigen Grundriss. Der quadratische Glockenturm ist an die Südfassade angebaut und wurde im oberen Teil verändert. Die ursprünglichen Wandmalereien wurden zwischen 1919 und 1923 abgerissen. Heute jedoch können Kopien davon im Inneren und Äußeren der Kirche betrachtet werden. Von den Malereien besonders zu erwähnen sind jene, die zum Repertoire der Tierwelt, der Steinigung vom Heiligen Stefan sowie der Musiker und Gaukler gehören.